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O milis() funciona bem para aplicacoes que desligam a placa, mas nao funciona muito bem quando a placa fica ligado direto. O problem e' que ele reseta a cada 50 dias (mais ou menos) e faz com que o teu calculo na linha 95 e 98 se perca:

void loop(){
  tempoFinal = millis();

  if ((tempoFinal - tempoInicial) > INTERVALO_ENTRE_LEITURAS){
	  tempoInicial = millis();

Talvez seja melhor usar uma biblioteca para cuidar do tempo e ter formas mais precisas de calcular os intervalos de irrigacao (por examplo, todo dia as seis da tarde, se nao choveu... e se a umidade do solo nao estiver alta.)

Uma alternativa ao milis() seria a funcao delay(), mas ela tem problemas tambem. Ela nao nao garante precisao de tempo e pode acontecer de alguns segundos serem adicionados diariamente ao calculo do intervalo. Imagine a aplicacao rodando o mes todo (tu vais ter um desvio muito grande).

A melhor opcao mesmo e' de usar um timer com um RTC (relogio de tempo real): DS3231